Está formada por tres franjas horizontales de igual anchura. La primera franja de color verde, la segunda de color blanco y la tercera de color rojo.
El color verde: simboliza la esperanza de los estudiantes en salir adelante y surgir en la vida. También simbolizan las inmensas sabanas, bosques y pastos que cubren nuestra tierra cordobesa y la fertilidad de los valles del Sinú y San Jorge. El color blanco, simboliza la paz, la armonía representada en las motas de algodón, producidas por estas tierras que tanto realce le han dado a nuestra región y el color rojo, simboliza la pasión por el estudio, la alegría, el placer y el gusto por el saber.
CORO
Canta orgulloso tu himno
Instermarpolista cantad,
Serás tú el elegido
Para este mundo cambiar (bis)
El saber se derrama en tus aulas
El saber anda en ti por doquier
Marceliano te llevo en el alma
En mi vida, en mi sangre en mi ser (bis)
Soy testigo perenne en tu historia
Arraigado en la lucha a vencer
La ignorancia que nubla la gloria,
Y los medios que me hacen
Padecer (bis)
Es tu lema formar bachilleres
Ciudadanos con alto perfil
Que defiendan su honor y su patria
Que construyan su buen porvenir (bis)
Anda firme Instemarpolista
A la cumbre tú debes llegar
Desde allá realizarás tu sueño
Y sembrarás cultura ambiental (bis)
Autor: JORGE FUERTES